🧬 MCP PRIDE Archive Search Server

该项目实现了一个符合模型上下文协议 (MCP) 的 API 服务器，该服务器提供了搜索PRIDE Archive的工具。PRIDE Archive 是一个主要的蛋白质组学数据存储库。它允许 AI 模型（如 Claude 或其他与 MCP 兼容的大语言模型）通过结构化函数调用以编程方式与蛋白质组学数据集进行交互。

🚀 特性

• ✅ 由 FastMCP 支持的 MCP 服务器
• 🔍 通过关键词、提交日期、受欢迎程度等查询数据集的 PRIDE Archive 搜索工具
• 🤖 面向 AI 的生物医学和蛋白质组学相关研究工具
• ⚡ 同时支持 http (SSE) 和 stdio 连接模式
• 🛠️ 可轻松扩展以添加更多工具

📦 安装

克隆仓库并安装依赖项：

bash git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git cd mcp_pride_archive_search poetry install # 或者使用 pip install -r requirements.txt

👨‍💻 使用方法

使用您首选的连接类型（http 或 stdio）启动 MCP 服务器：

bash python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

命令行参数

🔧 工具 API

search_archive_tool(...)

从 PRIDE Archive 数据库中获取蛋白质组学数据集。

使用场景：

• 搜索蛋白质组学研究数据
• 质谱数据集查询
• 生物医学数据集探索（例如，癌症相关）
• 查找热门或特定的蛋白质组学项目

🤝 与大语言模型集成

此服务器可与任何支持 Model Context Protocol 的大语言模型配合使用，包括：

• Anthropic Claude
• Google Gemini
• 开源 MCP 客户端
• 自定义 RAG 管道

🧠 架构概览

sql +---------------------+ 工具调用 +-----------------------------+ | Claude / Gemini AI | <--------------------> | MCP PRIDE API 服务器 | +---------------------+ | - search_archive_tool() | | - server_status() | +-----------------------------+ | v +---------------------------+ | PRIDE Archive REST API | | (https://www.ebi.ac.uk | | /pride/ws/archive/ | | v3/search/projects) | +---------------------------+

📝 许可证

MIT 许可证。详情请参阅 LICENSE 文件。