PubMed MCP 服务器

此仓库包含一个MCP服务器，该服务器使用BioPython的Entrez模块在PubMed中搜索文章摘要。它利用FastMCP框架为PubMed提供异步搜索功能。

功能

• 搜索PubMed： 根据搜索词查询文章。
• 检索摘要： 获取从PubMed返回的文章摘要。
• 异步操作： 使用异步执行（通过asyncio.to_thread）以避免阻塞服务器。

前提条件

• Python 3.8 或更高版本
• mcp[cli]
• BioPython

设置

1. 克隆仓库：

   bash git clone https://github.com/AIAnytime/MCP-Servers cd pubmed-mcp-server

2. 安装依赖项：

   您可以使用uv安装所需的包：

   bash uv add -r requirements.txt

3. 配置Entrez邮箱：

   确保您已在代码中设置了一个有效的电子邮件地址（在main.py中）：

   python Entrez.email = "give an email address"

运行服务器

通过运行以下命令启动PubMed MCP服务器：

bash uv run main.py

此命令使用uv命令行工具（如您的配置中指定的那样）启动服务器。

配置MCP客户端

要配置您的MCP客户端以连接到PubMed MCP服务器，请创建或更新您的config.json文件如下所示：

json { "mcpServers": { "pubmed": { "command": "C:/Users/aiany/.local/bin/uv", "args": [ "--directory", "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server", "run", "main.py" ] } } }

配置说明

• command: 用于运行MCP服务器的命令行工具的完整路径（此处为uv）。

• args:

  • --directory: 指定服务器所在的工作目录。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server": 服务器根目录的路径。
  • "run" 和 "main.py": 启动PubMed MCP服务器的命令和入口点。

使用方法

一旦服务器运行并且您的MCP客户端已配置好，您可以使用提供的工具：

• 工具: search_pubmed
• 参数:
  • query: 在PubMed中的搜索词（默认为"endocarditis"）。
  • max_results: 要检索的最大文章数量（默认为10）。

示例用法：

python search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

这将返回一个字符串，其中包含由换行符分隔的文章摘要。

许可证

此项目根据 MIT许可证 授权。

您可以根据需要调整路径和其他细节以适应您的特定设置。