bioRxiv MCP 服务器

🔍 使 AI 助手能够通过简单的 MCP 接口搜索和访问 bioRxiv 论文。

bioRxiv MCP 服务器通过模型上下文协议（MCP）在 AI 助手与 bioRxiv 预印本存储库之间提供了一个桥梁。它允许 AI 模型以编程方式搜索生物学预印本并访问其元数据。

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✨ 核心功能

• 🔎 论文搜索：使用关键词或高级搜索查询 bioRxiv 论文 ✅
• 🚀 高效检索：快速访问论文元数据 ✅
• 📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据 ✅
• 📊 研究支持：促进生物科学研究和分析 ✅
• 📄 论文访问：下载和阅读论文内容 📝
• 📋 论文列表：查看所有已下载的论文 📝
• 🗃️ 本地存储：论文保存在本地以便更快访问 📝
• 📝 研究提示：一套专门用于论文分析的提示语 📝

🚀 快速开始

前提条件

• Python 3.10+
• FastMCP 库

安装

1. 克隆仓库：

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git cd bioRxiv-MCP-Server

2. 安装所需的依赖项：

   pip install -r requirements.txt

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 自动安装 bioRxiv 服务器到 Claude Desktop：

claude

bash npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

将以下内容粘贴到设置 → Cursor 设置 → MCP → 添加新服务器:

• Mac/Linux
  s npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}"

Windsurf

sh npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

sh npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

使用 Claude Desktop

将此配置添加到您的 claude_desktop_config.json 中：

(Mac OS)

json { "mcpServers": { "biorxiv": { "command": "python", "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"] } } }

(Windows 版本):

json { "mcpServers": { "biorxiv": { "command": "C:\Users\YOUR_USERNAME\AppData\Local\Programs\Python\Python311\python.exe", "args": [ "-m", "biorxiv-mcp-server" ] } } }

与 Cline 一起使用 json { "mcpServers": { "biorxiv": { "command": "bash", "args": [ "-c", "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py" ], "env": {}, "disabled": false, "autoApprove": [] } } }

📊 使用方法

启动 MCP 服务器：

bash python biorxiv_server.py

🛠 MCP 工具

bioRxiv MCP 服务器提供了以下工具：

1. search_biorxiv_key_words: 使用关键词搜索 bioRxiv 上的文章。
2. search_biorxiv_advanced: 使用多个参数对 bioRxiv 上的文章进行高级搜索。
3. get_biorxiv_metadata: 使用 DOI 获取 bioRxiv 文章的元数据。

搜索论文

您可以要求 AI 助手使用如下查询来搜索论文：

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

获取论文详情

一旦您有了 DOI，您可以请求更多细节：

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 项目结构

• biorxiv_server.py: 使用 FastMCP 实现的主要 MCP 服务器
• biorxiv_web_search.py: 包含搜索 bioRxiv 的网页抓取逻辑

🔧 依赖项

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging

🤝 贡献

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📄 许可证

该项目采用 MIT 许可证。## ⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请遵守 bioRxiv 的服务条款，并负责任地使用此工具。