# JackKuo666
## 基本信息
- Slug: `jackkuo666-biorxiv-mcp-server`
- Source: modelscope
- Publisher: @JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server
- Categories: research-and-data / bioinformatics
- Hosted: No
- License: Unknown
- Source URL: https://www.modelscope.cn/mcp/servers/@JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server
## 简介
暂无描述。
## MCP Server 详情

# bioRxiv MCP 服务器

🔍 使 AI 助手能够通过简单的 MCP 接口搜索和访问 bioRxiv 论文。

bioRxiv MCP 服务器通过模型上下文协议（MCP）在 AI 助手与 bioRxiv 预印本存储库之间提供了一个桥梁。它允许 AI 模型以编程方式搜索生物学预印本并访问其元数据。

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## ✨ 核心功能
- 🔎 论文搜索：使用关键词或高级搜索查询 bioRxiv 论文 ✅
- 🚀 高效检索：快速访问论文元数据 ✅
- 📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据 ✅
- 📊 研究支持：促进生物科学研究和分析 ✅
- 📄 论文访问：下载和阅读论文内容 📝
- 📋 论文列表：查看所有已下载的论文 📝
- 🗃️ 本地存储：论文保存在本地以便更快访问 📝
- 📝 研究提示：一套专门用于论文分析的提示语 📝

## 🚀 快速开始

### 前提条件

- Python 3.10+
- FastMCP 库

### 安装

1. 克隆仓库：
   
   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server
   

2. 安装所需的依赖项：
   
   pip install -r requirements.txt
   

### 通过 Smithery 安装

要通过 [Smithery](https://smithery.ai/server/@JackKuo666/biorxiv-mcp-server) 自动安装 bioRxiv 服务器到 Claude Desktop：

#### claude

bash
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"


#### Cursor

将以下内容粘贴到设置 → Cursor 设置 → MCP → 添加新服务器:
- Mac/Linux  
s
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

#### Windsurf
sh
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

#### CLine
sh
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"


#### 使用 Claude Desktop

将此配置添加到您的 `claude_desktop_config.json` 中：

(Mac OS)

json
{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}


(Windows 版本):

json
{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\Users\YOUR_USERNAME\AppData\Local\Programs\Python\Python311\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

与 Cline 一起使用
json
{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}


## 📊 使用方法

启动 MCP 服务器：

bash
python biorxiv_server.py


## 🛠 MCP 工具

bioRxiv MCP 服务器提供了以下工具：

1. `search_biorxiv_key_words`: 使用关键词搜索 bioRxiv 上的文章。
2. `search_biorxiv_advanced`: 使用多个参数对 bioRxiv 上的文章进行高级搜索。
3. `get_biorxiv_metadata`: 使用 DOI 获取 bioRxiv 文章的元数据。

### 搜索论文

您可以要求 AI 助手使用如下查询来搜索论文：

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?


### 获取论文详情

一旦您有了 DOI，您可以请求更多细节：

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?


## 📁 项目结构

- `biorxiv_server.py`: 使用 FastMCP 实现的主要 MCP 服务器
- `biorxiv_web_search.py`: 包含搜索 bioRxiv 的网页抓取逻辑

## 🔧 依赖项

- Python 3.10+
- FastMCP
- asyncio
- logging

## 🤝 贡献

欢迎贡献！请随时提交 Pull Request。

## 📄 许可证

该项目采用 MIT 许可证。## ⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请遵守 bioRxiv 的服务条款，并负责任地使用此工具。