modelscope·@acashmoney/bio-mcp
一种模型上下文协议服务器,通过蛋白质结构分析能力增强语言模型,能够通过已建立的蛋白质数据库进行详细的活性位点分析和与疾病相关的蛋白质搜索。
BioMCP 是一个模型上下文协议 (MCP) 服务器,旨在通过蛋白质结构分析能力增强大型语言模型。它提供了与已建立的蛋白质数据库接口的工具,用于分析蛋白质活性位点和搜索与疾病相关的蛋白质。
未来的工作将集中在使代理能够利用 BioMCP。
BioMCP 实现了模型上下文协议,允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识,而不需要这些信息成为其训练数据的一部分。服务器处理 API 连接、数据格式化和错误处理,以提供可靠的蛋白质结构见解。
BioMCP 提供两个主要工具:
analyze-active-site:使用 PDB ID 提供关于蛋白质结合位点的详细信息search-disease-proteins:返回与指定疾病或医疗状况相关的蛋白质要通过 Smithery 自动为 Claude Desktop 安装 BioMCP:
npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude
# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git
# Install dependencies
npm install
# Start the server
npm start
启动 BioMCP 服务器:
npm start
在另一个终端中,全局安装 MCP Inspector(如果尚未安装):
npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
启动 MCP Inspector 并连接到本地 BioMCP 服务器:
npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
使用 inspector 界面测试工具并查看响应。
构建 BioMCP 服务器:
npm run build
配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器:
a. 找到你的 Claude Desktop config.json 文件(通常在用户目录下)
b. 编辑 config.json 以包含 BioMCP 服务器构建路径。示例配置如下:
{
"globalShortcut": "",
"mcpServers": {
"bio-mcp": {
"command": "node",
"args": [
"/path/to/your/build/index.js"
]
}
}
}
c. 将 /path/to/your/build 替换为实际的项目目录路径。
重启 Claude Desktop 使更改生效。
现在你可以向 Claude 提出使用 BioMCP 工具的问题了:
当与兼容的语言模型集成时,Bio-MCP 支持如下查询:
BioMCP 包含了一个全面的测试套件,包括单元测试、集成测试和端到端测试。
运行所有测试:
npm test
运行特定测试套件:
# Unit tests only
npm run test:unit
# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration
# End-to-end tests only
npm run test:e2e
检查代码质量:
npm run lint
自动修复代码检查问题:
npm run lint:fix
看起来您想要翻译一份英文技术文档,但您提供的内容中只有"asd"这个字符串,并没有实际的文档内容。请提供需要翻译的具体英文技术文档文本,这样我才能帮助您进行准确的翻译。如果有特定部分或格式要求,请一并告知。
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