# Bio-MCP蛋白质结构分析工具
## 基本信息
- Slug: `acashmoney-bio-mcp`
- Source: modelscope
- Publisher: @acashmoney/bio-mcp
- Categories: research-and-data / health-and-wellness / education-and-learning-tools
- Hosted: No
- License: Unknown
- Source URL: https://www.modelscope.cn/mcp/servers/@acashmoney/bio-mcp
## 简介
一种模型上下文协议服务器，通过蛋白质结构分析能力增强语言模型，能够通过已建立的蛋白质数据库进行详细的活性位点分析和与疾病相关的蛋白质搜索。
## 安装提示

```bash
npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude
```

## MCP Server 详情

# BioMCP: 启用基于代理的生物医学研发

[![smithery 徽章](https://smithery.ai/badge/@acashmoney/bio-mcp)](https://smithery.ai/server/@acashmoney/bio-mcp)
![BioMCP](cover.png)

## 概述

BioMCP 是一个模型上下文协议 [(MCP)](https://modelcontextprotocol.io/introduction) 服务器，旨在通过蛋白质结构分析能力增强大型语言模型。它提供了与已建立的蛋白质数据库接口的工具，用于分析蛋白质活性位点和搜索与疾病相关的蛋白质。

未来的工作将集中在使代理能够利用 BioMCP。

## 功能

- **活性位点分析**：使用 PDB ID 检查蛋白质的结合位点和功能残基
- **疾病-蛋白质搜索**：查找与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质结构
- **集成数据访问**：无缝连接 RCSB 蛋白质数据库 [(PDB)](https://www.rcsb.org/)

## 技术细节

BioMCP 实现了模型上下文协议，允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识，而不需要这些信息成为其训练数据的一部分。服务器处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构见解。

## API 端点

BioMCP 提供两个主要工具：

1. `analyze-active-site`：使用 PDB ID 提供关于蛋白质结合位点的详细信息
2. `search-disease-proteins`：返回与指定疾病或医疗状况相关的蛋白质

## 开始使用

### 通过 Smithery 安装

要通过 [Smithery](https://smithery.ai/server/@acashmoney/bio-mcp) 自动为 Claude Desktop 安装 BioMCP：

```bash
npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude
```


### 手动安装
```bash
# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# Install dependencies
npm install

# Start the server
npm start
```


## 设置说明

### 运行 MCP Inspector

1. 启动 BioMCP 服务器：
   ```bash
   npm start
   ```

2. 在另一个终端中，全局安装 MCP Inspector（如果尚未安装）：
   ```bash
   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
   ```

3. 启动 MCP Inspector 并连接到本地 BioMCP 服务器：
   ```bash
   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
   ```

4. 使用 inspector 界面测试工具并查看响应。

### 与 Claude Desktop 一起使用

1. 构建 BioMCP 服务器：
   ```bash
   npm run build
   ```

2. 配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器：

   a. 找到你的 Claude Desktop `config.json` 文件（通常在用户目录下）
   
   b. 编辑 `config.json` 以包含 BioMCP 服务器构建路径。示例配置如下：
   ```json
   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }
   ```
   
   c. 将 `/path/to/your/build` 替换为实际的项目目录路径。

3. 重启 Claude Desktop 使更改生效。

4. 现在你可以向 Claude 提出使用 BioMCP 工具的问题了：
   - "PDB 结构 6LU7 活性位点的关键残基是什么？"
   - "找到与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

## 示例用法

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP 支持如下查询：

- "PDB 结构 6LU7 活性位点的关键残基是什么？"
- "找到与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

## 要求

- Node.js 20.0.0 或更高版本
- TypeScript 5.0+
- 兼容的 MCP 客户端实现

## 测试

BioMCP 包含了一个全面的测试套件，包括单元测试、集成测试和端到端测试。

### 运行测试

运行所有测试：
```bash
npm test
```


运行特定测试套件：
```bash
# Unit tests only
npm run test:unit

# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration

# End-to-end tests only
npm run test:e2e
```


### 代码检查

检查代码质量：
```bash
npm run lint
```


自动修复代码检查问题：
```bash
npm run lint:fix
```


## 发展路线图

- 增加活性位点描述的详细程度
- 利用 3D 坐标
- 开发与文献对接的工具
- 开发与计算生物学模型对接的工具：
  - RFdiffusion
  - ProteinMPNN
  - ColabFold
  - 更多蛋白质设计及结构预测工具
- 基于代理的研究流程
- 引入带有蛋白质可视化工具的客户端